La junta de Gobierno del IPLANAY, es la máxima autoridad del organismo y se integrará por:
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El presidente, que será electo de entre los siete ciudadanos a los que se refiere el enunciado siguiente;
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Siete vocales, miembros de la sociedad civil organizada, a propuesta de organismos cupulares empresariales, académicos y de la sociedad civil, de los cuales uno lo presidirá;
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El Gobernador del Estado y cuatro vocales, titulares de las Dependencias coordinadoras de sector que el Gobernador determine;
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El titular de la Secretaría de la Contraloría;
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El Director General del IPLANAY, quien fungirá como Secretario Técnico.